保护区管理机构为江西九连山国家级自然保护区管理局,是江西省林业局直属正处级全额拨款事业单位,局址现设在江西省龙南市龙翔大道。
核定编制55人,现有在职干部职工46人。内设办公室、资源保护科、科研管理科和社区事务科4个职能科室,下设花露、润洞、大丘田、黄牛石4个保护管理站和虾公塘生态定位研究站。