科学监测是自然保护区的灵魂，是提高保护区知名度，扩大保护区影响的重要手段。九连山保护区注重发挥自身资源优势，始终坚持以科研求发展、树品牌的思想，科学研究深入开展，并取得了一系列具有国际水平的研究成果。

 早在1981年中国科学院就在保护区建立了九连山森林生态研究站，1986年，九连山森林生态研究站正式被列为中国科学院院级野外台站。自1981年起，保护区与中国科学院合作，建立了标准气象站、测流堰等气象水文监测站并进行了持续监测，现保存有37年的气象水文监测数据，为九连山的森林生态定位研究提供了基础数据，也充分体现了九连山自然保护区科研基地的价值。

 保护区在中科院建立的九连山森林生态研究站基础上，于2012年向江西省林业厅申报并获批了省级森林生态站，2013年正式向国家林业局申请加入中国森林生态系统监测网络，2014年元月经国家林业局批准正式成立了江西九连山森林生态系统国家定位监测研究站，成为国家林业局第89号森林生态系统定位研究站。至此，保护区有了国家级科研平台站。同时，购置了先进的监测设备，建设了2个自动气象站、2个测流堰、开展了大气负离子、光合有效等21个监测因子的气象监测和水的流速、流量、ORP值等9个因子的水文监测。

 我局与大专院校、科研单位密切合作，利用科技手段全方位的开展科研监测，实现设施共建资源共用成果共享，以推动我局科研工作深入开展。利用中国科学院1981年在保护区建立的九连山森林生态研究站和2014年成立的国家第89号森林生态系统定位研究站为平台，先后与北京大学、北京林业大学、复旦大学、中山大学、中国科学院、南昌大学、江西农业大学、南昌工程学院、江西环境工程职业学院等80多家科研教学单位的专家学者开展合作研究 ，1986年至1995年，日本京都大学、东京大学、冈山大学和岛根大学的教授与中科院地理所专家在九连山联合开展森林生态研究，并取得了一系列丰硕的成果。出版和发表了《中日合作研究报告》（英文）、《中日合作研究论文集》（英文，包括11篇论文及水文气象观测结果附录）、《江西九连山常绿阔叶林资源研究》、《中国南部亚热带森林流域主要化学成分的输入量与输出量》、《江西九连山综合科学考察报告》《九连山森林生态站研究回顾（上、下册）》等专著和论文。这些研究，极大地丰富了森林生态学、森林土壤学和森林水文学的理论，研究成果填补了国内外常绿阔叶林研究的空白。对生态公益林保护和自然保护区建设管理具有重要的指导意义。

 自身科技人员积极开展生态研究和动植物调查，完成了江西省第二次主要林木种质资源调查、第二次全国重点保护野生植物资源调查、国家环境保护部生物多样性保护专项之子项目—江西九连山哺乳动物监测等专项调查监测，取得了一系列丰硕的成果，发表了SCI论文20篇，出版了《九连山蝴蝶》《江西九连山鸟类图谱》等专著，发表了《九连山金斑喙凤蝶野外生物学特性监测》等研究论文160多篇，发表了两种两栖动物新种——九连山角蟾和东方短腿蟾，两种大型真菌新物种——华南二叉韧革菌和厚囊原毛平革菌。